Şuşa şəhərinin əsasının qoyulması Qarabağ xanlığının banisi Pənahəli xan Cavanşirin (1748-1763) adı ilə bağlıdır. 1748-ci ildə Bayat və 1751/52-ci ildə salınmış Şahbulaq qalalarının etibarlı olmadığını görən Pənahəli xan «dağların içində, möhkəm və keçilməz yerdə … əbədi və sarsılmaz qala» tikdirmək qərarına gəldi. Xanlığın mərkəzi hələ Şahbulaq qalasında olarkən dəniz səviyyəsindən 1300-1600 m hündürlükdə yerləşən əlçatmaz dağ yaylasında yeni şəhər-qalanın tikinti işlərinə başlanıldı. Əhalinin təhlükəsizliyi üçün zəruri işlər görüldükdən sonra 1756/57-ci ildə Pənahəli xan Qarabağ xanlığının paytaxtını Şahbulaq qalasından yeni salınmış şəhər-qalaya köçürdü. Bu şəhər ilk dövrlərdə öz banisinin adı ilə Pənahabad, onun ölümündən sonra isə yerləşdiyi relyefə uyğun olaraq Şuşa adlandırıldı. Şəhər üç tərəfdən sıldırım qayalarla, dördüncü tərəfdən isə möhkəm qala divarları ilə əhatə olunmuş, uzun müddət alınmaz qala kimi şöhrət qazanmışdı. Şuşa şəhərinin müdafiə qurğularından bəhs edən müəlliflərdən biri yazırdı ki, «Ağa Məhəmməd xan Qacarın dövründə Şuşa kiçik gözəl şəhərdi, möhkəm hasarının hündurlüyü şəhərin bütün tərəflərində bərabərdi, hasarın elə yerləri var idi ki, oradan mücahimlərin (hücum edənlərin-red.) başına daş, qaynar su və ya ərimiş qurğuşun tökmək olurdu». Şəhərin xarici aləmlə əlaqəsi Gəncə, Ağoğlan və İrəvan qapıları vasitəsilə həyata keçirilirdi.
Şuşanın bir şəhər kimi formalaşması 3 əsas mərhələdən keçmişdir. Pənahəli xanın hakimiyyət dövrünü (1748-1763) əhatə edən birinci mərhələdə Şuşanın ilk böyük məhəlləsi, sonralar Aşağı məhəllə adlandırılan Təbrizli məhəlləsi salınmışdır. Əhalisinin əksəriyyətini vaxtilə Təbriz və Ərdəbildən Bayat qalasına köçürülmüş sənətkarlar təşkil edən bu məhəllədə aşağıdakı kiçik məhəllələr – Çuxur, Qurdlar, Culfalar, Seyidli, Quyular, Merdinli, Hacı Yusifli, Qazançalı və Çöl qala məhəllələri yerləşirdi. Şuşanın bir şəhər kimi formalaşmasının ikinci mərhələsi İbrahimxəlil xanın hakimiyyəti dövrünü (1763-1806) əhatə edir. Bu mərhələdə Şuşanın 8 kiçik məhəllədən (Xanlıq, Saatlı, Köçərli, Mamayı, Xoca Mərcanlı, Dəmirçi, Hamam qabağı, Təzə) ibarət olan ikinci böyük məhəlləsi – Yuxarı məhəllə formalaşmışdır. Şuşa şəhərinin formalaşmasının üçüncü mərhələsi Qarabağ xanlığının 1806-cı ildə Rusiya imperiyası tərəfindən işğal edilməsindən sonra başlamış və daha uzun müddət davam etmişdir. Şəhərdəki bütün məhəllələrin adları bu şəhəri yaradan, onun aborigen əhalisi olan Azərbaycan türklərinə məxsus idi.
XVIII əsrin ikinci yarısı Şuşa şəhəri tarixinin ən şanlı səhifələrindəndir. Bu dövrdə şəhər dəfələrlə hücumlara məruz qalsa da, düşmən qarşısında baş əyməmiş, özünün alınmaz qala olduğunu sübut etmişdi. 1757-ci ildə Məhəmmədhəsən xan Qacar, 1760-cı ildə Fətəli xan Əfşar, 1795-ci ildə Ağa Məhəmməd xan Qacar kimi məşhur sərkərdələr də qəhrəman Şuşa şəhərini ala bilməmişdilər. Pənahəli xanın və İbrahimxəlil xanın mahir azərbaycanlı ustaların əli ilə yaratdıqları müdafiə qurğuları düşmən hücumlarının dəf edilməsində mühüm rol oynamışdı.
Şuşa uzun müddət Qarabağın inzibati mərkəzi olmaqla yanaşı, həm də çox mühüm iqtisadi mərkəz idi. Əsas ticarət və sənətkarlıq obyektləri şəhərin mərkəzi rolunu oynayan Aşağıbazar və Meydan adlandırılan ərazidə cəmləşmişdi. Burada çoxlu ticarət dükanı və sənətkar emalatxanası ilə yanaşı, bir neçə karvansara və hamam da tikilib istifadəyə verilmişdi.
Şuşa şəhəri XVIII əsrin sonlarından başlayaraq bütün Cənubi Qafqazın mühüm ticarət mərkəzlərindən birinə çevrilmişdi. Tacirlər Şuşaya Dərbənddən qızıl boya, Şəkidən silah, ipək, mahud, Bakıdan neft və zəfəran, Naxçıvandan duz və bez parça, Gəncədən zəy və meyvə gətirirdilər. Şuşanın ticarət əlaqələrində Cənubi Azərbaycan və İran şəhərləri, habelə Osmanlı imperiyası, Rusiya, Hindistan və Avropa ölkələri mühüm rol oynayırdılar. Şuşalı tacirlər Almaniyanın məşhur Leypsiq, Rusiyanın Nijni-Novqorod yarmarkalarının daimi iştirakçıları idilər.
Şuşa şəhəri özünün sənətkarlıq məhsulları ilə də şöhrət qazanmışdı. XIX əsrin əvvəllərində şəhərdə 50-dən artıq sənət sahəsi üzrə ixtisaslaşmış böyük sənətkarlar ordusu fəaliyyət göstərirdi. Onların arasında toxucular, papaqçılar, çəkməçilər, dərzilər, dülgərlər, həllaclar çoxluq təşkil edirdi. Şəhərdə toxuculuq və xalçaçılıq xüsusilə yüksək inkişaf səviyyəsinə çatmışdı. XIX əsrin əvvəllərində burada müxtəlif növ parçalar istehsal edən 500 toxucu dəzgahı işləyirdi. Kapitalist münasibətlərinin sürətli inkişafı Şuşada ipəkçiliyin fabrik-zavod istehsalı səviyyəsinə yüksəlməsinə gətirib çıxardı. Artıq XIX əsrin 60-cı illərində şəhərdə illik istehsal gücü 78 min rubla bərabər olan 16 ipəksarıma fabriki fəaliyyət göstərirdi.
Şuşa Azərbaycanda xalça istehsalının da mühüm mərkəzlərindən biri idi. XIX əsrin sonlarında dünya bazarlarında Azərbaycan xalçalarına tələbatın artması Şuşada xalçaçılığın daha da inkişaf etməsinə səbəb oldu. Bu dövrdə şəhərdə hər il ümumi dəyəri 50 min rubla bərabər olan xalça məmulatı istehsal edilirdi. Şuşa xalçaları bədii xüsusiyyətlərinə görə iki böyük qrupa – ornamentli və süjetli xalçalara bölünürdü. Əsasən, XVIII-XIX əsrlər üçün xarakterik olan ornamentli Şuşa xalçalarında nəbati ünsürlər üstünlük təşkil edirdi.
Şuşada boyaqçılıq, gön-dəri məmulatı istehsalı və metalişləmə sənətləri də yüksək inkişaf səviyyəsinə çatmışdı. Şuşalı boyaqçılar müxtəlif növ bitkilərdən istifadə edərək 50-yə qədər rəng və rəng çaları almağı bacarırdılar. XIX əsrin sonu - XX əsrin əvvəllərində Şuşada fəaliyyət göstərən 8 boyaq xananın illik istehsal gücü 69500 rubla çatırdı. Elə həmin dövrdə şəhərdə 200 nəfərə yaxın sənətkar gön-dəri məmulatı istehsalı ilə məşğul olurdu. XIX əsrin sonlarında Şuşada 78 nəfər zərgər müxtəlif növ baş, boyun, sinə, qulaq, bel, qol və barmaq üçün zərgərlik məmulatları hazırlayırdılar.
Azərbaycanlılar tərəfindən salınan və uzun müddət əhalisinin mütləq əksəriyyətini Azərbaycan türkləri təşkil edən Şuşa şəhəri XIX əsrin əvvəllərində baş vermiş Rusiya işğalından sonra ciddi demoqrafik dəyişikliklərlə üzləşdi. Azərbaycanın digər yaşayış məntəqələri kimi, Şuşaya da ermənilərin köçürülməsinə başlanıldı. Çar hökumətinin himayəsi ilə Şuşada müvəqqəti də olsa say üstünlüyünə nail olan ermənilər şəhərin köklü sakinləri olan azərbaycanlıları sıxışdırmağa başladılar. 1905-1906-cı illərdə azərbaycanlılara qarşı qanlı terror və soyqırımı təşkil edildi. Ermənilər bu əməllərini 1918-1920-ci illərdə də təkrar etməyə cəhd göstərsələr də Azərbaycan Xalq Cümhuriyyətinin silahlı qüvvələri tərəfindən dəf edildilər.
Sovet hakimiyyətinin qurulması ilə Şuşanın fəlakətli günləri başlandı. Dağlıq Qarabağda rəhbər vəzifələri ələ keçirən ermənilər şəhərin azərbaycanlı əhalisinə qarşı repressiyalara başladılar. 1923-cü ildə DQMV-nin yaradılması və Xankəndinin onun mərkəzi seçilməsi ilə Şuşa Qarabağın inzibati mərkəzi olmaq funksiyasından məhrum edildi. Bununla da Şuşa şəhərinin və orada yaşayan azərbaycanlıların vəziyyəti xeyli pisləşdi. Vilayət rəhbərliyinin ögey münasibəti nəticəsində şəhər sürətlə tənəzzül etməyə başladı. Azərbaycan xalqının tarixi-memarlıq abidələrinin bir çoxu uçurdulub dağıdıldı. Əhalinin sayı təxminən, 50 il ərzində 3 dəfədən də çox azaldı. Belə ki, 1917-ci ildə Şuşada 43869 nəfər əhali yaşadığı halda, 1970-ci ildə onların sayı azalıb 13664 nəfərə enmişdi.
Şuşanın yenidən dirçəlməsi yalnız 1969-cu ildə Heydər Əliyevin Azərbaycan rəhbərliyinə gətirilməsindən sonra mümkün oldu. 1977-ci ildə Azərbaycan SSR Nazirlər Soveti «Şuşa şəhərinin tarixi hissəsinin tarix-memarlıq qoruğu elan etmək haqqında» qərar qəbul etdi. Şəhərin sosial-iqtisadi və mədəni həyatının dirçəldilməsi üçün mühüm tədbirlər həyata keçirildi. Bütün bu tədbirlər nəticəsində şəhərdə əhalinin sayı artaraq 1989-cu ildə 20579 nəfərə çatdı.
Lakin Şuşada başlanmış bu dirçəliş uzun çəkmədi. 1992-ci il mayın 8-də şəhər erməni silahlı qüvvələri tərəfindən işğal olundu. İşğal prosesində və işğaldan keçən 20 il ərzində Şuşanın tarixi-memarlıq abidələri erməni vandalları tərəfindən amansızcasına dağıdıldı və bu gün də dağıdılmaqda davam edir.